但在整个明代，少林拳术的发展却落在少林器械武艺的后边。当少林棍术已成为全国知名的武术流派时，少林拳法却迟迟得不到武界的肯定。戚继光《纪效新书・拳经捷要》列举了“古今拳 家”，提到了宋木祖长拳、六步拳、猴拳、因拳、温家拳、吕红八下、绵张短打等诸家拳法，并列出“少林寺之棍”，但却只字没说少林拳法。何良臣《阵纪•技用》所列当时拳法各家大体与《纪 效新书》同，而举出姓名的拳家更多，如曹聋子之腿、唐养活之拿等，也没提少林拳法。兵家著书与江湖传说有所不同，凡列入兵法著述者，必然是技术发展得相当成熟已形成自己的风格特色，方能为军事家武术家所承认。此时的少林棍早已成熟，故被肯定推崇，而少林拳则尚处于形成的过程之中。这一点少林僧人也很明白，他们正在为发展少林拳法而努力。程宗猷《少林棍法阐宗》写道："或问曰：棍尚少林，今寺僧多攻拳而不攻棍，何也？余日：少林棍名夜叉，乃紧那罗王之圣传，至今称无上菩提矣。而拳犹未盛行海内，今专攻于拳者，欲使与棍同登彼岸也。”程氏《少 林棍法阐宗》写成于明万历丙辰（1616年），距明亡（1644年）不过二十余年，足见在明代末年少林拳法尚未发展成熟，少林武僧正在为少林拳的提高而努力演练。为什么同为少林武术，棍法却先成熟而拳术大为落后呢？最重要的原因是与明后期少林武僧参加抗倭征战有关。棍术虽非正规军器，但可用之于阵战，并在实践中不断得到发展与提高，形成少林棍法特色。而拳术，却不能直接用于阵战，它的技击性主要体现在武术较技与表演之中。少林武术发源于实战的需要（如护寺、抗暴），且又在实战中发展（元末抗红巾，明代抗倭），因此，实用性更强的棍术自然得到了较快的发展了。
少林拳法大概是清初形成体系，渐趋成熟，并成为与少林棍术齐名的武术流派的。但这一说法还没有足够的研究能够证明。只有两本书可以推测出少林拳在清初的成熟，一为清乾隆二十七年（1762年）弗逞道人作序，升霄道人重集之四卷本《少林衣钵图谱》；一为乾隆四十九年（1784年）曹焕斗序言，题为张孔昭撰、曹焕斗注的《拳经♦拳法备要》。有兴趣的读者可以找来一看。
少林内功的出现
气功和武术是中国传统体育的两朵姐妹花，不仅都有着数千年的悠久历史，而且这一对姐妹项目在发展演进过程中更相互影响与渗透。特别是武术，很早便吸收了导引行气的某些功法，把气功与技击结合起来发展出了武术内功，成为武术体系的重要组成部分。武术内功或称“硬气功”，是气功在练武中的特殊运用, 即所谓“内练一口气，外练筋骨皮”。少林武术发展至清代，逐步形成了少林内功，与少林拳术及少林器械共同组成了少林武术的完整体系。
从《少林衣钵》这一乾隆时期的古谱看，少林练内功至少在清初即已开始，少林内功的主要目的是为了提高少林武功的技击性。这本书的第四卷题为《绘象罗汉行功全谱》，序言说清初少林内功功法为“十八罗汉功”，也称“罗汉短打或罗汉行功”。此书标明为“升霄道人重集”。据此序言，升霄道人是卢乡（今山东荣阳西北）云花观道士，曾习武于少林寺，得少林福居禅师所传罗汉行功短打，并据自己休会注释绘图成谱。这本《绘象罗汉行功全谱》，是目前所见最早的也是较完备的少林内功。
《绘象罗汉行功全谱》有十八段，它们的名称是：仙人拱手、霸王举鼎、左右插花、枯树盘根、夜叉探海、推窗亮格、韦陀献 柞、老僧入禅、铁牛耕地、青龙摆尾、左右骗马、燕子绰水、虎 蹄人身、陈传大困、父子三请礼、鲤鱼打挺、张辽献袍、金钩挂 玉瓶。这十八段每段各有四至五势，少数二式，按势绘图，图上详注行功呼吸动作口诀。全谱十八段共六十九势，有图六十九幅, 行功口诀要领六十九首。此十八段较之清咸丰年间主祖源从少林寺得到的《内功图》（目前已流行多种版本）内容丰富得多，功法口诀要领要详尽得多。初步考察，此少林十八段六十九势内功, 未见其他古代典籍，可能全是少林佛门多年创造积累的功法。此内功图谱在乾隆年间的整理，表明至迟清初少林已开始练内功，经过百余年的研究与积累，至乾隆时期，少林内功趋于成熟，形成了一套完整而详尽的内练功法。
《绘象罗汉行功全谱》中还讲到一些依据中医经络及子午流注等学说创造的点穴法。少林创造点穴之法是为了暂时制伏对手, 充满人道精神。谱中，还附有道教内丹修炼的《内观图》及用功 行气要诀，表明少林内功吸取了道教内丹修炼（气功）的一些理论与方法。佛教与道教、医家与兵家、武术与气功等，它们都是中华传统文化巨系统中的子系统，这些个别的系统有着共同的文 化母体，它们在历史发展进程中彼此渗透、交融，相互吸取，乃是一种必然。正因为如此，它们才从各自不同的领域与角度共同体现中华文化的特点与优点，进而代表中华文化。少林武术内功 正因为在形成中吸取了医家、道家的理论与技术才发展成有独特个性的优秀的武术内功。
作为一个庞大的武术系统，少林也分生出很多支派，有“三大家”、“四大门”之说。“三大家”是红家少林、孔家少林、俞家少林，“四大门”是大圣门、罗汉门、二郎门、韦驮门。又如六合、八极、劈挂，通臂、太祖、燕青、华拳、查拳、弥宗、动力、明堂，沙脚、戳脚、地趟、洪拳、翻手、猴拳、螳螂、醉拳、咏春等，也大多是从少林武术中发展出来的。
如今，少林已经超越了武功层面，成为了文化层面的一个东西，最显著的就是少林武术门派和武侠文化的关系。
少林武功博大精深、无人可以穷尽，是天下最大的武学宝库, 因此在江湖上，少林派常常充当着“道义”的维护者、裁判者和领头羊的角色。由少林的起源传说，产生了一批武侠文艺作品。其中最著名的当推由李连杰主演的电影《少林寺》，述说了隋唐之际“十三棍僧救唐王”及少林开始发扬光大的传说。关于达摩创少林及历代高僧为少林所作出的开拓性贡献，也有一些武侠文艺作品加以反映。少林在反清抗暴及抵御外侮方面，充当着重要角色，少林曾有过抗倭的壮烈事迹，到清代据说又从事“反清复明”的秘密活动，由这里产生了关于少林的武侠文化传说。明代抗倭名将俞大猷据说与少林大有关系，洪门天地会传说源出少林, 文艺作品里又出现了似少林俗家弟子为题材的“方世玉系列”等。
巍巍嵩山，古刹少林，千百年来以其博大的胸襟与禅宗祖庭的地位孕育了名震中外的少林武术。少林武术是中国武术的重要组成部分，也是我国一笔宝贵的传统文化遗产，有着悠久的历史和丰富的民族传统文化内涵。自其产生发展至今，已有1500多年的历史，在漫长的发展历程中，少林武术逐步吸收了中国传统
文化的精髓，表现出中国人特有的少林精神、哲学智慧和特有的生活方式，是中国文化史上一颗耀眼的明珠，是我国传统文化宝库中不可或缺的一部分。实际上少林武术已成为中国人特有思维方式的表现，是中国传统文化的一种特殊模式。
屡建奇功的少林武僧
由于少林寺武功功夫过硬，实战意义强，所以历代都有武艺精通的名僧出现。
一、十三和尚救唐王
隋末，唐武德年间，以昙宗为首的少林寺13个高强武僧，因在救驾秦王李世民的战斗中，立有特大功勋，皇上封昙宗为大将军，至今仍被传为佳话。
二、福裕追封晋国公
据《登封县志》载，元朝初年，少林寺主持福裕大和尚曾为河南九州提督，因保国有功，圆寂后，被元世祖赐“光祖正发” 之号，后又追封为晋国公。少林寺现存碑刻可考。
三、紧哪罗王御红巾
据《说嵩》记载：“元至正初，忽有一僧至少林，蓬头裸背、跣足，只著单禅，在厨中作务数年，殷勤负薪执爨，朝暮寡言， 暇则闭目打坐，人皆异之，莫晓其姓名。至正一年辛卯三月二十六日，颖州红巾率众突至少林，欲行抢掠。此僧手持一火棍而出，变形数十丈，独立高峰，巾众惊怖而遁。僧大叫日：‘吾乃紧哪罗王是也’。言迄遂没。人始知为菩萨化身也。众感其德, 塑像寺中，供奉敬之，并以‘威镇少室三千里，能抗巾家百万兵的对联，贴至紧哪罗王佛像两侧，以示崇意。”

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